Supongo que no hay grandes diferencias.
Ambos están diseñados para el mismo propósito. Las herramientas de un clic son principalmente para roms como Asus, etc., que no se pueden rootear desde aplicaciones root normales. También he rooteado mi zenfone 2 con la herramienta de raíz con un clic. No puede decir que están hechos para dañar su dispositivo y, en lo que respecta al daño, primero elige rootear. En cualquier momento puede contactar a los creadores de esa herramienta a través de Xdaforums. ¡No creo que hagan otra cosa que no sea root! Es solo que la rom de su teléfono es una construcción difícil y ninguna aplicación puede descifrarla, por lo que necesita una herramienta hecha por desarrolladores.
Y sí, su propósito es instalar la aplicación de administrador de raíz Supersu en su teléfono. Entonces es lo mismo de cualquier manera.
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Alguna vez has visto la gran cantidad de temas que aplicaciones como Kingroot no pueden rootear. Eres uno de ellos si estas aplicaciones no pueden rootear. No es gran cosa, estas aplicaciones no son tan fuertes.
ps: ambas son las mismas y las herramientas de un clic generalmente instalan supersu. lea el hilo xda para más información. 😉