La prohibición es principalmente una consecuencia de la extrema precaución practicada por la industria de la aviación. No se han producido accidentes debido a la interferencia de teléfonos celulares a bordo de aviones que conozco, a pesar de su uso generalizado en violación de las regulaciones.
El resto de esta respuesta se aplica solo a los Estados Unidos.
La FAA requiere (14 CFR §91.21) que los dispositivos electrónicos personales se apaguen en vuelo a menos que una aerolínea haya determinado que no interferirán con el vuelo. La mayoría de las aerolíneas prefieren prohibir el uso de esos dispositivos en lugar de verificar que sean inofensivos, al menos durante ciertas fases del vuelo. Sin embargo, no se han producido accidentes por interferencia electrónica de dispositivos electrónicos personales en vuelo. Esto incluye su uso por parte de los pilotos, que están más cerca de los instrumentos y la aviónica que cualquier otra persona. (Existe el problema separado de distraerse con los dispositivos en la cabina, pero eso no es un problema técnico).
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El uso de teléfonos celulares en vuelo está regulado por la FAA y la FCC. La FAA los trata como dispositivos electrónicos, como se describió anteriormente. La FCC prohíbe específicamente su uso en todo momento en vuelo (47 CFR §22.925). La FCC hizo esto porque le preocupaba que los teléfonos celulares en el aire pudieran interferir con la reutilización de canales en el suelo; no tiene nada que ver con la seguridad de los aviones.
Ambas prohibiciones siguen vigentes, a pesar de las discusiones sobre el levantamiento de las mismas y la información y circulares publicadas por las agencias en cuestión. La FAA ha sugerido una mayor flexibilidad, pero continúa responsabilizando a los operadores por hacer determinaciones de seguridad.
Los dispositivos de transmisión como los teléfonos son una preocupación potencial más que los dispositivos pasivos como los iPod, pero como he dicho, no han causado ningún accidente.